Героем второй серии также является молодой хакер по имени Лан и его, так называемый, ПЕТ, персональный терминал, который называется NetNavi. Это специальная программа, которая встроена в ПЕТ устройство. Оно используется для уничтожения вирусов и схваток с другими NetNevi, которые можно обнаружить в гиперпространстве, а также в различных электронных устройствах. Действие этой игры начинается практически сразу после окончания событий в предыдущей серии. Теперь Лан проходит специальные тренировки для того, чтобы стать официальным NetBattler, одним из тех, кто использует своих NetNevis для того, чтобы сражаться с различными кибернетическими преступлениями и вирусами.
Для запуска игры необходим эмулятор vBag или gpSP (GameBoy Advance).